En el ámbito internacional se ha elaborado una lista de doce naciones, llamados Países Megadiversos, que dentro de sus fronteras contienen más del 60 % de todas las especies vivas identificadas del planeta. México ocupa el cuarto lugar en esa lista, con aproximadamente el 10 % de toda la biodiversidad.

Pues bien, la RBMA, en una superficie menor al 0.2 % del territorio nacional, contiene una de cada cinco (el 20%) de las especies que viven en México, y por ello constituye un tesoro de biodiversidad del país. En los ecosistemas de la RBMA se encuentra más del 10 % de las especies de la flora mexicana (3,400 especies de plantas vasculares), el 37 % de los mamíferos (116 especies), el 40 % de las mariposas diurnas (800 especies), el 48% de las aves (341 especies), muchas de las cuales son endémicas (sólo las hay aquí) y están en peligro de extinción . En esta reserva se protege al 90 % de las especies del trópico húmedo de México.

Además de constituir un tesoro de biodiversidad, las selvas tropicales húmedas proporcionan a la sociedad numerosos productos y servicios básicos e irremplazables. Entre ellos podemos nombrar frutos (como la vainilla y el cacao), los principales activos de numerosas medicinas, el control de la erosión de los suelos, la regulación de la fuerza de los vientos, la estabilización del clima, la dispersión de semillas, la polinización, la generación y renovación de suelos fértiles, la generación y transporte de nutrimientos, etcétera.

De particular importancia es el papel que desempeñan las selvas tropicales en el ciclo del agua, pues funcionan como enormes esponjas que absorben el agua, la reciclan y controlan su flujo, regulando las inundaciones y dando origen a riachuelos, arroyos, lagunas y grandes ríos. Son verdaderamente fábricas de agua.

Es así que la RBMA resulta un sitio estratégico para México en cuanto a la recarga de los acuíferos. En su territorio hay dieciocho cuencas hidrológicas que captan agua y alimentan a cerca del 50% de la cuenca del Usumacinta y la drenan hacia el Golfo de México. El Usumacinta mantiene una amplia cadena productiva en Chiapas y Tabasco, vinculada con las actividades agropecuarias y pesqueras. Junto con la cuenca del Grijalva constituye el mayor complejo hidrológico del país, ya que representa el 30% del agua dulce superficial de México.

Entre los ríos que se originan en el interior de la reserva destacan el Negro, Tzendales, San Pedro, Azul y Miranda. A su vez, las lagunas más importantes son las del Ocotal, El Suspiro, Ojos Azules, Miramar y Lacanjá. Podemos asegurar que estos ríos y lagunas tienen el agua de mejor calidad de México.

La riqueza y diversidad de la RBMA no sólo es natural sino también cultural. Dentro de su área se localizan varios sitios arqueológicos mayas que en su mayoría pertenecen al período Clásico de Mesoamerica (del 250 al 950 d.C.).